بدأت جامعة المثنى عند تأسيسها بثلاث كليات وهي كلية (التربية,العلوم,الزراعة)وذلك في 8 /3 / 2007م,في حين تضافرت الجهود الحثيثة وخلال شهور قليلة لاستحداث كليات وأقسام جديدة؛وحيث رفعت مقترحات لاستحداث كلية الطب والهندسة وأقسام علمية متنوعة في كليات عدة ,وقد تمت الموافقة حاليا على استحداث كلية الطب وقسم التربة والمياه في كلية الزراعة للعام الدراسي 2008-2009م,إما كلية الهندسة(القسم المدني والقسم الكيمياوي) وقسم الرياضيات وتطبيقات الحاسوب وقسم البيئة والتلوث في كلية العلوم فهي قيد الدراسة وبانتظار الموافقة على استحداثها 2009-2010م